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Existen múltiples causas de la intolerancia a la lactosa, pero la más frecuente es genética, y se suele manifestar en la pubertad o la adolescencia tardía. Si bien durante la infancia nuestro organismo tiene una alta actividad de producción de lactasa, tras el destete y a medida que crecemos, disminuyen los niveles de esta enzima.
Por esta razón, la ingesta de lactosa no afecta a todas las personas del mismo modo, sino que depende del umbral de sensibilidad de cada una. Además, suele estar asociada a la zona geográfica. Existen regiones que históricamente han utilizado lácteos en su dieta y sus habitantes suelen presentar menos prevalencia de esta enfermedad (países nórdicos, norteamericanos o caucásicos).